Інститут рибного господарства та екології моря (ІРЕМ) розпочав свою діяльність з 1975 року, коли в Бердянську була створена біологічна лабораторія Азовського науково-дослідного інституту рибного господарства (АзНДІРГ).

Біологічна лабораторія у 1978 році була перетворена в Бердянське відділення АзНДІРГ (БВ АзНДІРГ).

У перехідні роки після розпаду СРСР (1992-1993) на базі БВ АзНДІРГ була створена Українська Азовська науково-дослідна рибогосподарська станція (УкрАзНДРС), яка пізніше, у 1996 році, була включена, як Азовське відділення, до складу Південного НДІ морського рибного господарства та океанографії (ПівденНІРО).

У 2003 році на базі Азовського відділення ПівденНІРО створюється самостійне державне підприємство - "Азовський центр ПівденНІРО".

Зростання наукового потенціалу колективу вчених, значні наукові результати,  розширення спектру дослідницьких робіт, авторитет і визнання як в Україні, так і за кордоном, у 2010 році призвели до створення в Бердянську, на базі Азовського центру ПівденНІРО, Науково-дослідного інституту Азовського моря (НІАМ).

2014 рік був відзначений значними втратами наукового потенціалу рибогосподарської галузі України, що було пов'язано із окупацією та анексією Криму Російською Федерацією.

З цього року НІАМ-у було доручено Державою додатково забезпечення рибогосподарських досліджень в Чорному морі, моніторинг ситуації у рибопромислових районах Світового океану, а також забезпечення діяльності України в рамках міжнародних рибогосподарських організацій - CCAMLR, GFCM, CACFish, NAFO та інших.

Враховуючи розширення сфери компетенції інституту, напрацювання відповідних знань та досвіду, з 2014 року його назву було змінено на "Інститут рибного господарства та екології моря".

Отже основними завданнями, що сьогодні вирішує ІРЕМ, є таке.

1. Вивчення водних біоресурсів Чорного, Азовського морів, а також прісноводних водойм Азово-Чорноморського басейну. У процесі цієї роботи визначаються запаси та ліміти вилучення основних промислових видів водних біоресурсів на наступний рік. Ця робота є однією з основних складових у процесі організації рибного промислу в Україні.
2. Забезпечення міжнародної діяльності України у сфері рибного господарства. ІРЕМ працює за напрямами: CITES (Конвенція з торгівлі видами фауни та флори, що перебувають під загрозою зникнення), FAO (Організація із сільского господарства та продовольства Організації об'єднаних націй), GFCM (Комісія з рибальства у Середземному та Чорному морях), CACFish (Комісія з рибальства та аквакультури у регіоні Центральної Азії та Кавказу), CCAMLR (Комісія із збереження морських живих ресурсів Антарктики), NAFO (Комісія з рибальства у Північно-Західній Атлантиці), BSC (Комісія із захисту Чорного моря від забруднення). З 1992 року ІРЕМ представляє українську науку в Українсько-Російській Комісії з питань рибальства в Азовському морі.
3. Наукове забезпечення розвитку національної аквакультури, зокрема створення індустріальних рибницьких систем, спеціальних товарних рибних господарств, морських садкових ферм, селекція у рибництві, тощо.
4. Науково-методичне забезпечення штучного відтворення цінних видів водних біоресурсів Чорного та Азовського морів (осетрові, кефалі, судак, камбалові). Розроблення та впровадження штучних рифів-нерестовищ та рифів-біофільтрів.
5. Екологічний мотіторинг водойм та здійснення оцінок впливу господарської діяльності на стан водних екосистем та біоресурсів.
6. Генетичні дослідження та експертиза риб. Формування та зберігання державної колекції генетичних матеріалів риб.
7. Розроблення та вдосконалення національного законодавства в галузі рибного господарства.
8. Інші види наукової діяльності, що так або інакше пов'язані із проблематикою рибного господарства.

В ІРЕМ працюють три науково-дослідних відділи - відділ водних біоресурсів та екології, відділ аквакультури та відділ генетичних досліджень та біоінформатики. В рамках відділів здійснюють свою діяльність 5 дослідних лабораторій, 3 сектора та 2 групи.

З 2007 року інституту надані статуси в області племінної селекції - селекційно-племінний центр в рибництві, племінний репродуктор осетрових риб, лабораторія генетичного контролю тварин.

Публікації фахівців ІРЕМ постійно з'являються в провідних спеціальних виданнях - "Рибне господарство України", "Гидробиологический журнал", "Вестник зоологии", "Вопросы ихтиологии" та ін. Найбільш відомі видані НІАМ книги "Визначник риб Азовського моря" (О.А. Діріпаско , Л.В. Ізергін, Е.Г. Яновський, К.В. Дем'яненко, 2001) і "Риби Азовського моря" (О.А. Діріпаско, Л.В. Ізергін, К.В. Дем'яненко, 2011).

Співробітники інституту щорічно беруть участь у наукових конференціях і семінарах у нас в країні та за кордоном.

Власне ІРЕМ також є організатором міжнародних наукових заходів, присвячених вивченню й охороні фауни Азовського моря.

З найбільш показових успіхів за весь період діяльності інституту слід відзначити успіх робіт, які проводилися з 1978 року, з акліматизації кефалі-піленгаса. Зараз цей вид є одним з найбільш масових промислових об'єктів не лише Азовського, а й Чорного та Середземного морів.

Також слід зазначити про провідну роль ІРЕМ у відкритті для українських рибалок в середині 1990-х років промислу судака й відновлення промислового лову бичків. Одним із факторів, що сприяли стрімкому зростанню промислового запасу азовських бичків, стало впровадження на Азовському басейні розроблених ІРЕМ технологій створення штучних рифів-нерестовищ.

Інститутом було порушено на міжнародному рівні питання про критичне становище популяцій осетрових риб Азовського моря. Інститут брав активну участь у підготовці біологічного обґрунтування про заборону промислового вилову осетрових риб з Азовського моря. Заборона на вилов осетрових з Азовського моря була введена з 2000 року за рішенням Українсько-Російської Комісії з питань рибальства в Азовському морі.

Інститут невпинно розвивається. Розширюється коло наукових напрямів. Серед пріоритетних напрямів розвитку на найближчі роки - аквакультура, зокрема морська аквакультура, розширення молекулярно-генетичних досліджень риб, запровадження нових сучасних методів наукових оцінок та прогнозування стану запасів риб Чорного та Азовського морів.